庄恕空降到仁合医院的目的是为了帮助被诬陷害死人的母亲洗脱冤屈，三十年前庄恕的妈妈在仁合医院做护士，一次事件中母亲被质疑用错药导致病人死亡，从此庄恕一家的噩梦开始了。
当时庄恕的妹妹只有三岁，但是因为不堪的同学嘲笑而不幸走失，七岁的庄恕与母亲相依为命，母亲一直不相信是自己的失误坚持调查真相，但是岂料势单力薄，即使庄恕的母亲如何执着，真相却依旧没能够大白。最终庄恕的母亲不幸因车祸而去世。
庄恕林欢相认。
林欢是庄恕的妹妹，时隔多年再度重逢，却因各自经历已不相识。现在的林欢是一个大提琴音乐家，文艺范儿十足。因29年前一桩“事故”引发，两兄妹时隔多年再度重逢，却因各自经历已不相识。这让有血缘之亲却难以相认的哥哥庄恕痛苦不已，面对生死，人物复杂的关系和身世让身怀绝技的医生也束手无策。
医者仁心但最难面对的也是人心，幸而故事里的医生们，最终都没有放弃，坚守住了自己最后的底线，《外科风云》小说结局皆大欢喜，因为庄恕不仅为母亲洗脱了冤屈，更是找回了自己的亲生妹妹，还意外收获了一个热情似火的小媳妇儿陆晨曦。
背后凶手浮出书面，网友直呼竟是他！
美籍华裔外科专家庄恕（靳东饰）为追查30年前母亲张淑梅的事故真相找寻走失的妹妹来到新城仁和医院。而仁合医院的院长傅博文，则成了陆晨曦的师父，亦师亦父，在他的呵护关心下，陆晨曦成长为胸外的一把刀。
终末肺病患者的丈夫是心梗患者同时患有胃癌，但他坚决拒绝治疗，留下遗嘱，死后自己的器官捐献给需要的人，他的心肺用于救治他的妻子。丈夫愿放弃生命希望救妻子，这件事情引起舆论的广泛。
卫生部门十分重视，各方面的目光都放在本市心肺移植最权威的专家傅博文的身上，他接下这台手术似乎义不容辞，但事实上他因为自身抑郁与身体上的原因，已经两年没有主刀这类时间长难度高的手术了。
傅博文无法在众目睽睽之下，承认自己已经失去了做高难度手术的能力，他硬着头皮答应做这台手术;庄恕从扬帆处得知傅博文的状况，想到三十年前他曾经的自私懦弱，强势地把原定的手术助手陆晨曦换下，自己做傅博文的手术助手。
果然，在这台手术中，傅博文精力不济，如果不是庄恕，这台手术根本无法完成。扬帆深信傅博文沽名钓誉，于是给傅博文安排采访，把那台其实是庄恕所做的心肺移植说成傅博文的辉煌巅峰之作。
傅博文不愿作假，却无法在大众面前讲出实话，一步步被逼用谎言掩盖谎言，在扬帆的"软刀子"方式逼迫下，傅博文内心几近崩溃。从这看来，傅博文是不想这样做的，无奈只能用谎言一点点的掩盖。
结局，傅博文将陆晨曦培养成为了胸外的一把刀，而他自己亦背负了几十年的内疚。甚至于那段不可言说的隐衷还直接影响了他的职业生涯。让他最终因抗不住内心纠葛退出医院权力角逐。
