临行之前，侯七带着王怀远听从梁鼎山的遗言，在城外柳树下挖出了《火器医鉴》，王怀远对梁鼎山更加感激。
王怀远一行人赶往敖来峰，在路上遇到保安团的人正押解着谷子，王怀远指使毛驴故意闯祸，惹怒保安团的人，然后跟侯七等人制服他们，救下谷子，才得知敖来峰上的情况非常不乐观，缺粮少药。王怀远找跟谷子侯七打听了虎旗军主要人物的情况以及性情等情况，算是初步了解了，王怀远让侯七先行回山报告情况，他们再做打算。
在济南的田麦穗已经被田德贵严密监视起来了，赵化民与田麦穗将银杏转移到了别的院落休养，将百会和涌泉送去了烟台。刘丙财带人来搜，扑了个空。
到了泰安城，发现满城都是贴着捉王怀远等人的告示，王怀远找到曾给他治过病的警察局长，住到了他家里，从侯七那里了解虎旗军三位旗主的个性。
副旗主刁四暗地里与佐藤勾结。
侯七上山，带回去了梁鼎山已死的消息，众人都非常悲愤，尤其是冯一刀刁四等人，对王怀远更是心存成见，冯一刀让侯七带话给王怀远，他如果想上山想留在虎旗军，就先想办法在两天之内弄三千斤粮食上山，否则就坚决不承认王怀远，甚至会杀了他替总旗主报仇。侯七无奈又下山传话。
王怀远得到消息之后，并不觉得是在为难他，而是欣然接受，并且积极活动，王怀远又威逼利诱林局长，让他帮忙弄粮食。谷子等人疑惑堂堂警察局长为什么会帮虎旗军的忙，原来王怀远曾经给过林局长一个治不孕不育的方子，让他生了儿子，所以他很忌惮王怀远，自然愿意帮忙。王怀远的计划是，带着谷子等人劫持前去运粮的士兵，顺利抢到粮食，然后抢了独立旅的衣服换上大胆的带人带车上山。
神医名将第10集剧情介绍山上的丁五、冯一刀等人已经守在山腰，王怀远那边一开枪，山上的人就一冲而下，打垮了保安团，成功将五千斤粮食运上了山。
王怀远成功将粮食运上山，但是冯一刀还是不承认他，于是提出要跟王怀远比试枪法，比试的方式也特别，是让人顶着银元打，刁四搞鬼给王怀远放了一个“臭子”，结果王怀远跟冯一刀还是都各打掉两块银元，王怀使出“甩针”，成功打掉最后一块银元，赢了冯一刀，但冯一刀还是不服他。
田麦穗被跟踪，赵化民假扮虎旗军绑架了田麦穗，然后将他们转移出去。
田德贵得知王怀远已经上山，还抢了独立旅的粮食，更加紧张，准备炮轰敖来峰。
王怀远开始给兄弟们治病，诊断之后，列出药方让人去抓药，刁四拦下药方说他去抓药，结果他把药方飞鸽传书给了佐藤俊二，佐藤俊二在其中加了一味药。刁四自然照办。
王怀远在虎旗军里先用同样有戏曲爱好跟丁五套近乎，获得了一定程度上的信任和支持。而冯一刀一再为难王怀远，对王怀远总指挥的位置耿耿于怀，冯一刀要求王怀远打退独立旅的进攻，才肯承认他。王怀远开始排兵布阵，与独立旅奋战到底。
王怀远技高一筹，漂亮地打了一场大胜仗，此时，刁四却偷偷的派手下下山买药，掺在王怀远的中药中下给伤病的虎旗军。正当大家在庆贺战功，伙房师傅常大牙匆匆跑来说，虎旗军的伤员喝了王怀远开的药后口吐白沫病情危急。
神医名将第11集剧情介绍很多服过药的弟兄都出现了中毒的症状，冯一刀恨不得杀了王怀远。王怀远跟虫草对兄弟们做过紧急处理之后，展开调查，在药渣里发现自己的配方里多出一味叫“半夏”的药剂，这味药跟王怀远开的药方刚好相反，起反作用，所以兄弟们才会中毒。但是冯一刀等人并不信服，还是指责就是王怀远故意要害人。王怀远说服冯一刀给自己一个晚上的时间他就能抓到凶手。
当晚，刁四跟白蜡杆儿企图暗算王怀远，但是被王怀远料到，王怀远早就让侯七埋伏起来伺机抓他们，可惜刁四狡猾逃离。一整夜，王怀远都在治疗中毒以及患病受伤的弟兄。
第二天，大家等着看王怀远如何抓出凶手。王怀远把药渣放在盆里制成药汁，告诉大家凡是动过药的人手上一定会有残留，只要把手伸进药汁就能看出来，然后他让侯七抓来一只老鼠沾了附子粉再放进药汁拿出来，老鼠已经只剩下骨头了，凶手张子贵吓得腿软，刚要承认是谁指使他干的时候，张子贵被藏起来的白蜡杆儿打死。众人循着枪声抓捕，刁四冲在最前面，假意抓捕，但是放走了白蜡杆儿，众人还是没抓到真正的凶手。而王怀远的方法其实是计策，他让侯七提前在药汁里放了一个骨头样的老鼠，想骗出凶手。
田德贵得知独立旅进攻虎旗军失败，非常气愤，要亲自带兵攻山，却突然接到韩复榘的命令，刘黑七又有行动，让田德贵前去支援，田德贵无奈只好暂时放过王怀远及虎旗军。于是王怀远开始执行正规的训练，他认为田德贵总有反扑的一天，还是决定尽快带虎旗军转移。但是田德贵早就派人把山围住，王怀远花了一个月的时间观察地形，终于找到了突围的路子。
济南城里的银杏已经渐渐康复，急于出去寻找王怀远跟百会、涌泉，但是田麦穗坚决不允许。
