除一般支持疗法外，要注意保持环境安静、空气新鲜，以减少痉咳发生的诱因；对婴幼儿要注意吸痰，以防窒息；及早应用抗生素治疗，一般可采用红霉素 、氯霉素、氨基苄青霉素、卡那霉素以及复方磺胺甲基异恶唑（复方新诺明）；重症患者应短期应用皮质激素；若有并发症，应作相应处理。
1、一般治疗：按呼吸道传染病隔离保持室内安静、空气新鲜、温度适当，注意避免诱发患儿痉咳的因素，进食营养丰富，易于消化的食物，注意补充各种维生素和钙剂。镇静剂能减少患儿因恐惧、忧虑、烦躁而诱发的痉咳，同时保证睡眠，可服用异丙嗪(非那根)每次1m/kg、苯巴比妥等。咳嗽剧烈可用镇咳药，若痰液粘稠可用雾化吸人。如惊厥时用安定、复方氯丙嗪或苯巴比妥等药物止惊。小婴儿痉咳严重时应有专人守护。发生窒息时及时吸痰或作人工呼吸和给氧，如发生脑水肿，及时进行脱水治疗，防止脑疝出现。
2、抗菌治疗：卡他期应用抗生素可以减轻甚至不发生痉咳，进入痉咳期后应用，则不能缩短百日咳的临床过程。但可以缩短排菌期及预防继发感染，首选红霉素，百日咳杆菌对红霉素敏感，能渗进呼吸道分泌物中达到有效浓度，剂量：每日30～50mg/kg，口服或静脉滴注。7～14为一疗程。近年一些新的大环内酯抗生素如罗红霉素每日5～10mg/kg，分2次口服，7～10天为一疗程。阿奇霉素每日10mg/kg，一次顿服，3天为一疗程。后两者具有抗菌作用强，胃肠道反应较少等优点，可酌情选用。氨苄青霉素临床疗效差，氯霉素，虽有较好疗效，但偶可引起粒细胞减少。
3、并发症治疗：合并支气管炎或肺炎时给予抗生素治疗，单纯肺不张可采取体位引流、吸痰、肺部理疗等，必要时用支气管镜排除局部堵塞的分泌物。
合并脑病时可用复方氯丙嗪或苯巴比妥钠抗惊厥治疗。出现脑水肿可用20%甘露醇，每次1g/kg静脉注射，必要时尚可用地塞米松静脉滴注。免疫球蛋白可用于脑病患儿，亦可使痉咳减轻，内含高价抗毒素及特异免疫球蛋白，用量15ml/kg，静脉注射，72小时内见效。
4、中医治疗：中医称百日咳为“顿咳”、“鹭鸶咳”、“疫咳”。
辨证施治法则：
(1)初咳期(外感风热)：宜疏风清热、化痰降气。常用桑菊饮加减：桑叶、菊花、薄荷、杏仁、桔梗、连翘、芦根、甘草等。高热加生石膏、黄芩、山栀，痰多加天竺黄、川贝。
(2)痉咳期(痰热闭肺)：宜清热化痰、肃肺降逆。常用麻杏石甘汤、泻白散合温胆汤加减：麻黄、生石膏、杏仁、甘草、竹茹、半夏、陈皮、枳壳、茯苓、桑皮、地骨皮。若汗出热盛者，重用生石膏、黄芩、知母。伴目睛出血者，加青黛、白茅根、玄参。痰多粘稠者，加天竺黄、海浮石。
(3)恢复期(肺脾两虚)：宜益气养阴、补肺健脾。用人参五昧子汤加减：人参、白术、茯苓、甘草、麦冬、五味子等。若气虚为主，加黄芪、生牡蛎，如咳嗽仍重，加款冬花、紫苑、地骨皮、川贝等。 >>小宝宝百日咳的症状和治疗方法
5、急救措施
惊厥时用安定、复方氯丙嗪或苯巴比妥等药物止惊，痉咳、痰液粘稠发生痰阻窒息时立即吸痰或人工辅助呼吸。
